История Русской Православной Церкви советского периода — это история гонения на веру. После 1917 года началась ликвидация храмов и монастырей. Церковные учреждения были лишены прав юридических лиц. В 1918-1920 годы были ликвидированы все духовно-учебные заведения, монастыри, православные общества,
богоугодные заведения. В 1922 году под лозунгом помощи голодающим Поволжья было проведено изъятие церковных ценностей.
Древние иконы, драгоценные оклады, церковная утварь, камни, колокола рекой потекли за границу. Изъятые предметы историко-художественного значения из разрушенных и закрытых храмов передавались Музейному отделу Моссовета и Главмузею. Патриарх Тихон отстаивал интересы церкви в условиях жесточайших гонений со стороны богоборческого государства. Не вмешиваясь в политику, Патриарх твердо отстаивал каноны Православия. Эту линию продолжил Митрополит Сергий.
Массовое закрытие и разрушение церковных зданий пришлось на период с 1929 по 1936 годы. Репрессии 1930-х годов унесли жизни сотен тысяч православных священно-церковнослужителей и мирян.
Церковь Всех Святых на Кулишках была закрыта в 1931 году. Богослужения в ней не возобновлялись до 1991 года. От полного разрушения, которого не избежали многие древние храмы Москвы, ее спасла лишь прямая связь с Куликовской битвой, решающим сражением конца XIV века, в котором силы русских княжеств впервые выступили сплоченно против общего внешнего врага.
Часовня в Варварской башне Китайгородской стены была упразднена, разрушена была и сама древняя стена Китай-города. Икона Боголюбской Божией Матери с Варварской башни после закрытия храма в 1931 году была утрачена. Но остатки башни у Варварских ворот сохранились и по настоящее время. Основание башни из белого камня видно в переходе при выходе из станции метро «Китай-город» на улицу Варварку. На камнях башни помещена мемориальная доска, на которой написано, что это остатки одной из башен Китайгородской стены.
В 1950-х годах Всехсвятский храм был отремонтирован с внешней стороны. В 1967 году внутри храма помещалось строительно-монтажное управление. В 1970-е годы храм был полностью отреставрирован снаружи и в 1970-1980-х годах отдан под Гастроль-бюро филиала Москонцерта.
При археологических раскопках в 1980-х годах, проводимых сотрудниками Музея истории и реконструкции города Москвы, было обнаружено много древностей. Раскопки производились в подклете центрального четверика, центральной апсиды, а также западной и южной галереи храма. В верхнем горизонте культурного слоя найдены многочисленные архитектурные и строительные детали XVI—XVIII веков, полихромные рельефные и гладкие расписные печные изразцы, железные кованые ножи, шпага XVIII века, ножницы, сверло, подсвечники, мореные кувшины и кубышки. Были расчищены белокаменные полы и фрагменты каменных сооружений конца XVI—XVII веков, обнаружены белокаменные резные надгробия с именами погребенных (например, подьячего Приказа каменных дел Ивана Кольцова и другие). Ниже горизонта каменного строительства найдены четыре яруса погребений в дубовых долбленых колодах, относящиеся к ХV-ХVII векам. Под погребениями, в основании здания церкви, прослеживается бревенчатый настил и другие деревянные сооружения, которые конструктивно связаны с первоначальным деревянным храмом, поставленным благоверным князем Димитрием Донским. Наиболее интересна находка из нижнего культурного слоя, который отложился еще до сооружения храма. Это отрывок бересты с тонко прочерченным орнаментом и изображением двух человеческих фигур, датируемый XIII—XIV веками. Все находки хранятся в Музее истории Москвы.
С западной стороны Всехсвятского храма сохранилось чугунное крыльцо XIX века. Колокольня храма за века слегка наклонилась.
Снаружи проводилась еще одна реставрация, которая окончилась к 1982 году. В 1990 году шел внутренний ремонт храма, отданного Музею истории и реконструкции Москвы. На стенах было раскрыто много фрагментов росписей.
В конце 1991 года храм возвращен Русской Православной Церкви. В журнале Московской Патриархии в частности сообщалось, что «в день кончины К. С. Родионова, умершего на 99-м году жизни, двоюродного брата архиепископа Иоанна (Шаховского) Сан-Францисского и сына известного московского архитектора, настоятель церкви Рождества Богородицы в Капотне игумен Мартирий (Вагин) отслужил панихиду в возрождающемся храме Всех Святых на Кулишках».
